Nathalie Houtman a suivi un double de cursus de piano et de flûte à bec: elle obtient un premier prix de piano au conservatoire de Mons et est également diplômée avec la plus grande distinction en flûte à bec au Conservatoire royal de Bruxelles dans la classe de Frédéric de Roos. Elle étudie une année à Amsterdam avec Walter Van Hauwe, avant de se diriger vers La Haye où elle obtient son Master of Music avec la plus grande distinction.

Elle s’est produite avec la Pastorella avec qui elle enregistre les concertos grosso de Corelli, avec l’ensemble Les Muffati, l’ensemble More Maiorum, l’ensemble Alba Novella, l’ensemble Laterna Magica (enregistrement du CD Exercitium, CD Opera Minima, Handel with care ainsi que le CD Mimesis), l’ensemble Sirocco (enregistrement du CD Pedrini ) et encore au sein de l’ensemble Apsara dans un répertoire de musique contemporaine.

Son intérêt pour les musiques extra européennes de traditions orales la conduit en Inde auprès du maître de flûte indienne Harsh Wardhan pour étudier le Bansuri ( flûte indienne), à Paris auprès de Sozan Shiaki Karya pour la flûte Shakuhachi ( flûte Japonaise) ainsi que auprès de François Picard pour le xiao ( flûte chinoise).
Elle est lauréate 2007 de la fondation belge pour la Vocation et a obtenu les premiers prix aux concours internationaux Bonporti, Pro Musicis et avec l’ensemble Sirocco.